摘要:目的采用生物信息學(xué)軟件分析細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)Calpain蛋白(EgCalpain)的結(jié)構(gòu)與抗原表位,為研制基于Calpain的棘球蚴病疫苗提供依據(jù)。方法從NCBI核苷酸和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)下載EgCalpain的核苷酸和氨基酸序列,采用ProtParam、SignalP、TMHMM、Cell-Ploc等在線分析程序,結(jié)合DNAStar、DNAMAN等生物信息學(xué)軟件分析、預(yù)測(cè)EgCalpain蛋白的理化性質(zhì)、信號(hào)肽序列、跨膜結(jié)構(gòu)域、亞細(xì)胞定位及抗原表位;采用Clustal omega程序?qū)Σ煌锓N來(lái)源的Calpain蛋白進(jìn)行多序列比對(duì),并通過(guò)MEGA 6.06程序構(gòu)建鄰接樹(shù)。結(jié)果 EgCalpain基因全長(zhǎng)7 734 bp,包含15個(gè)外顯子和14個(gè)內(nèi)含子;EgCalpain基因編碼蛋白由707個(gè)氨基酸組成,是一種穩(wěn)定蛋白,不含有信號(hào)肽序列和跨膜區(qū)域,可能定位于細(xì)胞質(zhì)。EgCalpain蛋白含有5個(gè)T、B細(xì)胞聯(lián)合表位,分別為267-299 aa、328-356 aa、486-507 aa、546-567 aa、648-662 aa。EgCalpain蛋白與曼氏血吸蟲(chóng)Calpain的親緣關(guān)系較近,與人、牛、羊Calpain的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。結(jié)論 EgCalpain蛋白含有5個(gè)T、B細(xì)胞聯(lián)合表位且與人、牛、羊Calpain的親緣關(guān)系較遠(yuǎn),作為棘球蚴病疫苗進(jìn)行免疫時(shí),可能具有良好的免疫保護(hù)作用。
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